Marighella iniciou seus estudos em engenharia civil, na Bahia, mas aos 18 anos despertava para as lutas sociais, filiando-se ao Partido Comunista. Em 1932, aos 21 anos, foi preso pela primeira vez por causa de um poema com críticas ao interventor baiano Juracy Magalhães. No meio da década de 30 foi preso novamente após as lutas da Intentona Comunista.
Em 1937, por conta de uma anistia, foi libertado. Contudo, com Getúlio Vargas no poder com o Estado Novo, o Partido Comunista foi para a clandestinidade. Em 1939, foi novamente encarcerado. Em 1945, houve uma nova anistia no Brasil, o Partido Comunista voltou à legalidade e Marighella foi eleito deputado constituinte. A sua liberdade política, porém, não durou muito. No governo do general Eurico Gaspar Dutra, em 1946, o Partido Comunista foi proibido e Marighella teve o mandato cassado. Em 1953, ele esteve à frente da "Greve dos Cem Mil" e também participou da campanha "O petróleo é nosso".
Durante o governo de João Goulart, o Partido Comunista voltou à legalidade. Marighella, contudo, divergia da linha adotada e, em 1962, fundou o Partido Comunista do Brasil - PC do B. Em 1964, com o golpe militar, voltou a ser perseguido, foi baleado e preso em um cinema no Rio de Janeiro. Sobreviveu e ficou encarcerado por 80 dias, mas acabou solto pela ação de um advogado.
Marighella também passou a divergir no PC do B e acabou expulso do partido. Fundou então a Ação Libertadora Nacional-ALN, que pregava a luta armada. A partir de 1968 participou de ações armadas para conseguir fundos para a ALN. Os integrantes do movimento participaram do sequestro do embaixador norte-americano Charles Elbrick, junto com o MR-8.